L’altare maggiore e il presbiterio, sono delimitati da un’elegante balaustra (adorna di 4 belle statue bronzee di Tiziano Aspetti, 1594). Questo ambiente solenne è dominato dai capolavori di Donatello (1448 e seguenti), che nel loro insieme costituiscono l’opera d’arte più celebre della Basilica.
La disposizione attuale delle sculture (30 in tutto), sopra e attorno l’altare, è opera di Camillo Boito (1895). Dominante su tutto si staglia il meraviglioso Crocifisso (1449), in cui la divina bellezza del Cristo si umanizza nella serena accettazione della sofferenza e della morte.
Sotto il Crocifisso, in atto di alzarsi dal trono e presentare il Bambino all’adorazione dei fedeli, materna e regale, è raffigurata la Madonna. Ai lati, sei statue: i santi Francesco, Giustina e Lodovico d’Angiò (a sinistra di chi guarda), e i santi Antonio, Daniele e Prosdocimo, primo vescovo di Padova (a destra). Altri stupendi bronzi raffigurano miracoli di s. Antonio, i simboli degli evangelisti, angeli che cantano e suonano; al centro, un Cristo morto tra due angioletti angosciati. A tergo dell’altare si ammira la Deposizione di Gesù nel sepolcro eseguita in friabile pietra di Nanto: l’espressionismo dell’artista tocca qui il suo vertice. Sulla sinistra si eleva il Candelabro in bronzo, opera di Andrea Briosco detto il Riccio (1515): per dimensioni e maestria artistica è considerato il più bel candelabro del mondo. Nelle pareti laterali del presbiterio sono incassate 12 formelle in bronzo con fatti dell’Antico Testamento, opera di B. Bellano (1488) e di A. Briosco (1507).
Sotto gli archi dei cancelli che immettono nel presbiterio, dipinti di santi francescani. Merita particolare attenzione, a sinistra, l’affresco (1326) di S. Antonio benedicente, di maestro giottesco e considerato la vera effigie del Santo. Subito accanto è ora collocata la grande consolle del duplice organo della basilica: giova ricordare che il santuario vanta tradizioni musicali antiche e nobilissime. Dietro l’altare si allarga il grande coro (sec. XVIII), realizzato su disegno di G. Massari, dopo che un furioso incendio aveva divorato quello precedente, preziosamente scolpito e intarsiato da L. Canozzi dal 1462 al ‘69. Sotto il poderoso armadio che contiene i libri corali, c’è ancora la tomba di Lorenzo Alberti, fiorentino (morto nel 1421), padre del più famoso Leon Battista. Ci si soffermi un momento ad osservare la decorazione pittorica delle pareti e delle volte del presbiterio e dell’abside: immane fatica del bolognese A. Casanova che, dal 1902 vi lavorò per un quarantennio.