Une fois arrivé au Maroc, il ne put exercer aucun ministère. Tombé gravement malade, dans l’impossibilité de recouvrer la santé, il dut s’en remettre à la volonté de Dieu et reprit le chemin de retour au Portugal. Nouvelle déception, durant la traversée, des vents violents poussèrent le bateau vers les côtes de la Sicile et fut recueilli par les frères de Messine.
C’était le printemps 1221. À cette même époque, saint François avait réuni tous les Frères – environ 5 000 – pour le grand chapitre de la Pentecôte. Après deux mois de convalescence, avec les Frères de Messine, frère Antoine se rendit donc à Assise où il connut et entendit François parler de son idéal, confirmant ainsi son choix de suivre le Christ et de vivre la fraternité et la minorité franciscaines
Mais Antoine ne rencontra pas François personnellement. Et lorsque les Frères regagnèrent chacun leur couvent, Antoine, inconnu de tous, resta seul. Frère Gratien, provincial de Romagne le prit alors avec lui, et l’envoya à l’ermitage de Montepaolo, près de Forlì, pour célébrer la messe aux Frères et là, il se consacra à la prière, à la méditation et aux humbles services de la petite communauté.