En 1220, il fait la rencontre des Frères de saint François de l’ermitage dos Olivais, près de Coimbra. Cinq d’entre eux, partis au Maroc évangéliser les Sarrasins, y furent martyrisés et leurs reliques, ramenées à Coimbra par le frère du roi, y reçurent un accueil triomphal qui émut profondément le jeune Fernand.
Un jour, aux Frères qui venaient au monastère demander l’aumône, il confia : « J’aimerais moi aussi être des vôtres, si vous me promettez que, une fois chez vous, vous m’enverrez au Maroc, pour partager avec ces saints martyrs, la couronne du martyre. »
Les Frères n’en revenaient pas de joie. Peu de temps après, Fernand obtint la permission de quitter l’Ordre des Chanoines réguliers, revêtit la bure de saint François et changea le nom de Fernand en celui d’Antoine, en souvenir d’Antoine, l’ermite et père du désert.
C’était le printemps 1220. Au mois de septembre, avec son compagnon, il quittait les Frères d’Olivais pour Marrakech.