À l’âge de 15 ans environ, il fait le choix de la vie religieuse et entre au monastère des chanoines de saint Augustin de Saint-Vincent, hors les murs de la ville.
Mais il n y reste que deux années. Dérangé dans sa recherche de solitude et dans ses études, il demande et obtient d’être transféré au monastère de Sainte Croix de Coimbra, la maison-mère de l’Ordre et, à cette époque, capitale du Portugal.
Pendant huit années, il suit fidèlement et avec ferveur la Règle de Saint-Augustin et reçoit une formation théologique et biblique spécialisée, sous la direction de maîtres Chanoines réguliers, formés à l’école de Saint-Victor de Paris.
À vingt-cinq ans il reçoit l’ordination sacerdotale et exerce son ministère dans les églises et paroisses à la directe dépendance du monastère.