Der Hochaltar und der Chor werden von einer eleganten Balustrade abgegrenzt, die mit vier Bronzestatuen von Tiziano Aspetti (1594) gekrönt ist. Den feierlichen Raum beherrschen Meisterwerke von Donatello (1448 und folgende). Die Skulpturengruppe ist das berühmteste Kunstwerk der Basilika. Die jetzige Anordnung der 30 Skulpturen ist das Werk von Camillo Boito (1895).
Dominierend ist das wunderschöne Kruzifix (1446), in dem die göttliche Schönheit des Christus durch die Annahme des Leides und des Sterbens vermenschlicht wird. Darunter reicht Maria vom Thron aus das Jesuskind zur Anbetung dar, in mütterlichköniglicher Haltung. Seitlich davon befinden sich sechs Statuen: die Heiligen Franziskus, Justina und Ludwig von Frankreich (vom Betrachter aus links) und die Heiligen Antonius, Daniel und Prosdocimus, des ersten Bischofs von Padua (rechts). Bronzetafeln zeigen die Wunder des heiligen Antonius, die Symbole der Evangelisten sowie singende und musizierende Engel. In der Mitte der tote Christus zwischen zwei klagenden Engeln.
Auf der Rückseite des Altares ist die Grablegung Jesu zu bewundern. Auf der linken Seite erhebt sich der Bronzekandelaber, ein Werk von Andrea Briosco, genannt il Riccio (1515): Wegen seiner Ausmaße und seiner künstlerischen Meisterschaft wird er als der schönste Kandelaberder Welt angesehen. In die Seitenwände des Chores sind zwölf Bronzetafeln von B. Bellano (1488) und A. Briosco (1507) mit Darstellungen des Alten Testamentes eingefügt. Unter den Chorgittern finden sich Darstellungen franziskanischer Heiliger. Besondere Aufmerksamkeit verdient links das Fresko „Der heilige Antonius spendet den Segen“ (1326) von einem Schüler Giottos; es gilt als authentische Darstellung des Heiligen. Direkt daneben befindet sich die Doppelorgel: die Basilika kann auf eine antike und reiche musikalische Tradition zurückblicken. Der heutige Chor geht auf die Mitte des 18. Jahrhunderts zurück; er wurde nach Plänen von G. Massari gestaltet, nachdem ein furchtbarer Brand den vorigen Chor verwüstet hatte, den L. Canozzi von 1462 bis 1469 mit kostbaren Bildhauerund Intarsienarbeiten versehen hatte.
Unter dem gewaltigen Schrank, der die Chorbücher ent- hält, befindet sich das Grab des Florentiners Lorenzo Alberti (gestorben 1421); er war der Vater des berühmten Architekten Leon Battista. Man sollte einen Moment innehalten, um die malerische Ausgestaltung der Wände und der Bogengänge des Cho- res und der Apsis zu betrachten: A. Casanova aus Bolog- na hat sie von 1902 an injähriger, mühevoller Arbeit geschaffen.