Der Kreuzgang hat seinen Namen von der riesigen Magnolie in seiner Mitte, er wird aber auch Kreuzgang des Kapitels genannt, da an seiner Seite der große Kapitelsaal liegt
Konvent und Kreuzgänge
Auf der Südseite der Basilika liegt der Franziskanerkonvent mit fünf Kreuzgängen: Kreuzgang des Paradieses, des Noviziates, der Magnolie, des Generals, des Museums (bzw. des seligen Luca Belludi). Der elegante Kreuzgang des Noviziates heißt so, weil in einem seiner Flügel die jungen franziskanischen Ordensaspiranten wohnen.
Im Kreuzgang des Luca Belludi befinden sich das Antonianische Museum und das Museum der populären Antoniusverehrung, vom Kreuzgang des Generals aus gelangt man zu der interessanten Multimedia-Ausstellung über den heiligen Antonius und zur wertvollen Antonianischen Bibliothek.
Im Konvent haben im Laufe der Jahrhunderte Ordensleute gelebt, die herausragten durch ihre Heiligkeit, ihre Kultur und die bedeutenden Aufgaben, die sie in der katholischen Kirche innehatten. Hier hat der spätere Papst Sixtus IV. (15. Jh.) seine Ausbildung durchlaufen, hierher sind die Päpste Pius VI. und Pius VII. gepilgert. Im Jahr 1982 ist Papst Johannes Paul II. zu einem Pastoralbesuch nach Padua gekommen