Главный алтарь и пресвитерий отделены от основной части храма элегантной оградой с четырьмя красивыми бронзовыми статуями работы Тициано Аспетти (1594). Это пространство украшают также шедевры Донателло (1448 и следующие годы), вместе они делают пресвитерий красивейшим местом базилики.
Над алтарем и вокруг него видно тридцать скульптур работы Камилло Боито (1895), которому принадлежит также проект расположения главного алтаря. Над всем этим доминирует красивейшее распятие (1446), отражающее Божественную красоту Иисуса Христа, Который принял на себя человеческую природу и со смирением и спокойствием принимает также страдания и смерть на кресте. Под распятием – статуя Богоматери, являющей людям младенца Иисуса. По обеим сторонам – шесть статуй святых: Франциск, Иустина и Людовик (с левой стороны); Антоний, Даниель и Просдоцим, первый епископ Падуи (с правой стороны). Другие очаровательные бронзовые работы изображают чудеса Святого Антония, символы евангелистов, поющих ангелов; по центру – мертвый Христос между двумя ангелами.
С левой стороны возвышается бронзовый канделябр, работы Андреа Бриоско (1515). По своим размерам и художественному мастерству этот канделябр считается самым красивым в мире.
По бокам пресвитерия находятся двенадцать плит, на которых изображены события из Ветхого Завета, работы Б. Беллано (1488) и A. Бриоско (1507).
Под арками ворот изображены святые францисканцы. Особенного внимания заслуживает фреска с левой стороны (1326), на которой видно благословляющего Святого Антония. Считается, что это подлинное изображение Святого.
Сразу рядом размещена большая консоль органа базилики, напоминающая о старинных музыкальных традициях санктуария.
Позади алтаря находится большой хор, где несколько раз на протяжении дня собираются монахи на молитву Литургии часов. Хор сделан по проекту Д. Массари в середине XVIII века, после того, как пожар повредил предыдущий хор, который был вырезан из дерева и украшен Л. Каноцци в середине XV века.
Под огромным шкафом, в котором хранятся книги для хора, находится могила флорентийца Лоренцо Альберти (умер в 1421году), отца известного архитектора Леона Баттиста.