Монастырь и клуатры

С южной стороны базилики находится францисканский монастырь, который развивался на протяжении столетий, начиная c маленькой бедной кельи, в которой жил святой Антоний. Монастырь на сегодняшний день состоит из нескольких зданий, которые построены вокруг пяти внутренних дворов, носящих такие названия: Двор Рая, Двор Послушничества, Двор Магнолии, Двор Настоятеля и Двор Музея (или Блаженного Луки). Двор Послушничества является одним из самых элегантных и привлекательных. Называется он так потому, что в крыле здания вокруг него живут молодые послушники, готовящиеся к францисканской жизни. Со Двора Музея можно попасть в Музей Святого Антония и Музей вотивных даров, а со Двора Настоятеля – на Мультимедийную выставку о жизни святого Антония.   

В этом монастыре, бывшем свидетелем многих происшествий, в свое время жили известные религиозные деятели, которые отличались своей святостью, вкладом в культуру или сыграли важную роль в жизни Католической Церкви. Здесь учился будущий Папа Сикст IV (XV век) и останавливались во время своих паломничеств Папы Пий VI и Папа Пий VII; в 1982 монастырь посетил с пастырским визитом Папа Иоанн Павел II.