Когда Фердинанду было пятнадцать, проведя долгое время в молитве и размышлениях, он покинул отцовский дом и вступил в Монастырь Святого Викентия, принадлежавший каноникам святого Августина и расположенный на окраине Лиссабона. Орден Августинцев, к которому присоединился Фердинанд, славился своим стремлением к учению. Именно августинцам обязан святой Антоний своему интеллектуальному формированию, которое сделало его одним из самых образованных клириков Европы начала XIII столетия. К несчастью, монастырь располагался слишком близко к дому Фердинанда. Друзья и родственники постоянно навещали послушника, нарушая его внутренний мир и мешая учебе. В конце концов, Фердинанд упросил перевести его в другой монастырь, и его отправили в Монастырь Святого Креста в Коимбре (которая на тот момент была столицей Португалии). Там он продолжил свое обучение, а в 25 лет был рукоположен в сан священника.
Фердинанда назначили главой богадельни при монастыре. Именно благодаря этому он впервые познакомился с францисканцами. В 1219 он встретился с несколькими последователями Святого Франциска, которые направлялись в Марокко, чтобы проповедовать мусульманам. Его необычайно привлек их простой проповеднический образ жизни.
В феврале 1220 до Фердинанда дошла новость о том, что его пять францисканских друзей приняли мученическую смерть в Марокко. Их останки, собранные вместе, были доставлены в Португалию, где стали почитаемы как мощи мучеников за веру. Король повелел разместить тела мучеников в церкви Святого Креста в Коимбре.
Фердинанд долгое время размышлял об ответе пяти францисканцев на призыв Господа Иисуса Христа к проповеднической жизни, призыв, который, в конечном счете, привел их на крест. Он почувствовал стыд, так как считал свою жизнь в августинской обители посредственной, наполненной компромиссами. Он захотел примерить на себя героический образ жизни последователей Ордена меньших братьев. Фердинанд захотел заполучить ту свободу, которая позволила бы ему страстно и радостно отвечать на призыв Господа следовать за Ним.
В конечном счете, Фердинанд смог получить благословение на то, чтобы примкнуть к францисканцам. Он был облачен в серое рубище «кающихся из Ассизи» и приступил к изучению трудов Святого Франциска. Обретя новую жизнь, Фердинанд решил обрести и новое имя, выбрав имя Антония в честь пустынника Святого Антония, которому и была посвящена францисканская обитель.