En septembre 1224, François d'Assise, accompagné de son fidèle confrère Léon, se retira sur le mont de l’Alverne pour y vivre un temps de prière et de pénitence. C'était une période de crise due à des désaccords avec ses confrères, et François souhaitait trouver dans la prière et le jeûne la confirmation de son désir de s'identifier totalement au Christ.
Le 17 septembre 1224, sur le mont de l'Alverne, le Crucifix imprima les signes des stigmates sur le cœur et sur le corps du frère François.