L’épuisement dû à son intense travail du Carême l’obligea à accorder un temps de repos à un physique déjà éprouvé. Après Pâques, il accepta de se retirer avec quelques confrères dans la communauté de Camposampiero, à une vingtaine de kilomètres au nord de Padoue. Un certain comte Tiso, ami des Frères, lui construisit une hutte sur un grand noyer, au milieu de ses champs, où il puisse se consacrer à la prière, à la méditation et à quelques entretiens avec les gens de la campagne. C’est pendant ce séjour, qu’il eut la visite de Jésus Enfant, comme en témoignera le comte Tiso lui-même.
Le 13 juin 1231, un vendredi, au cours du repas, il est pris de malaise. Se sentant proche de la mort, il demande à être transporté dans sa communauté de Padoue. Déposé sur un char à bœufs, il est transporté à Padoue, mais les Frères le prient de s’arrêter dans le petit couvent de l’Arcella, aux faubourgs de la ville. C’est là que, murmurant ces paroles : « Je vois mon Seigneur », il meurt à l’âge d’environ 36 ans.
Quelques jours après, le mardi 17 juin, par des funérailles présidées par l’évêque et avec un grand concours de peuple, il est transporté solennellement à l’église Mère du Seigneur, et déposé en terre, dans un cercueil en bois, comme on le retrouvera plus tard, au cours de la reconnaissance canonique présidée par saint Bonaventure.
La multiplication des guérisons sur sa tombe et la dévotion des habitants de Padoue et de toute la région amenèrent le pape Grégoire IX à procéder à sa canonisation, le 30 mai 1232, fait unique dans l’histoire de la sainteté, 11 mois seulement après sa mort.
En 1946, le pape Pie XII proclamait saint Antoine de Padoue « Docteur de l’Église Universelle », au titre de Docteur évangélique.