Los trabajos de la Cuaresma desgastaron un físico ya exhausto. Después de la Pascua acepta retirarse con otros frailes a Camposampiero (pueblecito a pocos kilómetros de Padua) huésped del conde Tiso. Pide, sin embargo, que le sea acondicionado un simple refugio sobre un gran nogal, donde transcurre las jornadas en contemplación con Dios y en diálogo con las gentes humildes de la aldea. Es durante esta permanencia que se le aparece el Niño Jesús y dialoga con él, como testificará el conde Tiso.
Un viernes -es el 13 de junio de 1231- se siente aquejado por un fuerte malestar. Puesto en una carreta es llevado a Padua, donde el mismo ha pedido poder morir. Llegado a la Arcella, un barrio a las puertas de la ciudad, murmurando las palabras "Veo a mi Señor", expira a la edad de unos 36 años.
Algunos días después, con solemnes funerales, Antonio es sepultado en Padua, en la iglesita de Santa María Mater Domini, su refugio espiritual en los períodos de intensa actividad apostólica.
Al cabo de un año de su muerte, la devoción de los paduanos y la fama de tantos prodigios realizados convencen al papa Gregorio IX a ratificar rápidamente la canonización, o sea, a proclamarlo santo el 30 de mayo de 1232, sólo 11 meses después de la muerte.
En 1946 la Iglesia proclama a san Antonio de Padua "Doctor de la Iglesia Universal", con el título de Doctor Evangelicus.