En 1220 Fernando, por primera vez, entra en contacto con los frailes menores, religiosos fundados por Francisco de Asís en la lejana Italia. De hecho, las reliquias de cinco misioneros franciscanos torturados y asesinados en Marruecos, son llevadas a Coímbra, a la iglesia de la Santa Cruz, donde vive Fernando. Probablemente es en este período que profundiza su contacto con los primeros franciscanos llegados a Portugal.
El encuentro se revelará fundamental en el camino de fe del joven religioso: con gran sorpresa de todos, en el septiembre de 1220 decide dejar a los canónigos agustinos para entrar a formar parte de los seguidores de Francisco de Asís. Con este motivo abandona el viejo nombre de bautismo para tomar el de Antonio
Antonio madura una fuerte vocación misionera y, en particular, al martirio: con este ideal parte para Marruecos.