Im Jahr 1220 tritt er mit den Minderbrüdern in Verbindung, Mönchen, die von Franziskus von Assisi aus dem fernen Italien fasziniert und animiert sind. Die Reliquien von fünf in Marokko nach grausamen Foltern ermordeten Franziskanerbrüdern werden in die Kirche S. Cruz zu Coimbra überführt, genau da, wo sich Fernando befindet. Wahrscheinlich war das die einschneidende und prägende Begegnung mit dem Franziskanerorden.
Dieses Treffen wird grundlegend für den Glaubenspfad des jungen Geistlichen sein: Zu aller Überraschung beschließt er im September 1220, aus dem Augustinerorden auszutreten und den Söhnen von Franziskus von Assisi beizutreten. Bei dieser Gelegenheit ändert er auch den Namen. Er wird nicht mehr Fernando, sondern Bruder Antonius heißen.
In Antonius reift eine tiefe Neigung zur Mission und im besonderen zum Martyrium: Mit diesem Ideal reist er nach Marokko.