Несмотря на все старания герцога Тизо и братии, Антоний не смог поправить свое здоровье. 13 июня 1231 года Антоний спустился со своего дома на дереве, чтобы пообедать с братьями. Они едва приступили к трапезе, как Антоний упал. Он успел прошептать, что желает, чтобы его отвезли в Падую, где он хочет умереть. Антоний хотел провести свои последние часы в столь любимой им обители у церкви Пресвятой Девы Марии. Монахи положили Антония на телегу и отправились в путь, но тот оказался слишком слаб. На середине пути монахи решили, что лучше будет остановиться в Монастыре Бедной Клары в Арчелле, что близ Падуи. После елеопомазания, Антоний воспел гимн Деве Марии.
Монахи обратили внимание на то, что взор Антония будто обратился куда-то и остановился на том, что они увидеть не могли. Монахи спросили Антония, что он видит, и он ответил им: «Я вижу моего Господа». Вскоре Антоний скончался. Ему было всего 36 лет, но за столь короткую жизнь он успел пройти тысячи километров, проповедуя десяткам тысяч (если не сотням тысяч) верующих. Монахи постарались оставить смерть Антония в тайне, чтобы его тело не украли, но уже совсем скоро послышались голоса детей, которые бежали по улочкам Падуи, восклицая: «Святой умер! Брат Антоний умер!»