El altar mayor y el presbiterio, están delimitados por una elegante balaustrada (adornada por cuatro bellas estatuas en bronce de Tiziano Aspetti, 1594). Este espacio solemne y dominado por las obras maestras de Donatello (1448 y ss), constituye el monumento artístico más célebre de la Basílica. La disposición actual de las esculturas (30 en total), sobre y alrededor del altar, es obra de Camillo Boito (1895). Dominante sobre todo en el altar se erige el impresionante Crucifijo (1449), en el que la divina belleza del Cristo se humaniza con la serena aceptación del sufrimiento y de la muerte. Debajo del Crucifijo, como si se levantara del trono para presentar al Niño a la adoración de los fieles, maternal y majestuosa, está representada la Virgen.
En los lados, seis estatuas: los santos Francisco, Justina y Luis de Anjou (a la izquierda de quien está mirando), y los santos Antonio, Daniel y Prosdócimo, primer obispo de Padua (a la derecha). También encontramos unos es- tupendos bajorrelieves en bronce con los milagros de San Antonio, los símbolos de los evangelistas, ángeles que cantan y tocan; y en el centro un Cristo muerto entre dos angelitos angustiados. En la parte de atrás del altar puede admirarse la magnífica Deposición de Cristo en el sepulcro, relieve realizado en piedra de Nanto: el expresionismo del artista alcanza su culminación. A la
izquierda se alza el monumental Candelabro en bronce, obra de Andrea Briosco llamado el Riccio (1515), por su calidad artística y por sus dimensiones está considerado el candelabro más bello del mundo. A ambos lados del presbiterio hay empotrados doce bajorrelieves en bronce con episodios del Antiguo Testamento, obras de B. Bellano (1488) y de Andrea Briosco (1507).
Bajo los arcos de las cancelas laterales, encontramos otros frescos que representan a santos franciscanos. Merece una mención especial, a la izquierda, el fresco que representa a San Antonio bendiciendo, obra de una maestro de la escuela de Giotto (1326), considerado como el verdadero retrato del Santo. Al lado está colocada ahora la gran consola del doble órgano de la Basílica: hay que recordar que el santuario posee tradiciones musicales antiguas y nobilísimas. Detrás del altar se extiende el amplio coro (s. XVIII), realizado según un diseño de G. Massari, después de que un terrible incendio devorara al precedente, esculpido y taraceado de forma maravi armario que contiene los libros del coro, todavía está la tumba de Lorenzo Alberti, florentino (muerto en 1421), padre del más famoso León Battista. Es necesario pararse a observar la decoración pictórica de las paredes y de las bóvedas del presbite- rio y del ábside: obra del artista de Bolonia A. Casanova, que en 1902 trabajó allí durante unos cuarenta años.