Se encuentra en la pared norte de la Capilla de la Virgen Mora. El beato Lucas de Padua fue discípulo y compañero de San Antonio, y a la muerte del Santo, fue continuador de su obra apostólica antoniana y probable promotor de la construcción de esta Basílica. El magnífico altar es del siglo XIII.
La serie de frescos son obra de Giusto de’ Menabuoi (1382). Representan: en el centro, la Virgen entre los santos franciscanos; a ambos lados del altar, dos escenas de la intercesión del Beato Lucas; en los restantes paneles están representados algunos hechos tomados de la Leyenda Aurea de los apóstoles Felipe y Santiago. En el elegante sarcófago del altar descansan los restos mortales del beato Lucas.