Así llamado a causa de la majestuosa magnolia que domina el centro del prado. Pero es llamado también «del Capítulo», porque en el lado que lo separa de la Basílica se abre la gran Sala del Capítulo, reservada hace años a las reuniones de los frailes y ahora convertida en Capilla.
Convento y claustros
En el lado sur de la Basílica está el convento franciscano, que se fue desarrollando a lo largo de los siglos, empezando por la pequeña residencia donde vivía San Antonio.
Se organiza en varios edificios, caracterizados por cinco amplios pórticos o claustros, llamados: del Paraíso, del Noviciado, de la Magnolia, del General, del Museo (o del beato Lucas). Elegante y sugestivo se presenta el claustro del Noviciado, llamado con este nombre porque en un ala de este claustro viven los jóvenes aspirantes a la vida franciscana. En el claustro del beato Lucas los peregrinos pueden visitar el Museo Antoniano y el Museo de la devoción popular, mientras que desde el claustro del General se accede a la interesante Exposición multimedial sobre la vida de San Antonio y a la prestigiosa Biblioteca Antoniana.
En el convento, que ha sufrido muchos vicisitudes, vivieron a lo largo de los siglos religiosos ilustres por santidad, por cultura, por importantes cargos en la Iglesia católica. Aquí fue educado el futuro papa Sixto IV (siglo XV), y se alojaron en peregrinación Pío VI y Pío VII; en 1982 llegó, en visita pastoral a Padua, San Juan Pablo II