Am Dienstag, dem 17. Juni1231 wurde Antonius in Padua in der kleinen Kirche Sancta Maria Mater Domini begraben, die seine Zuflucht in den Zeiten intensiver apostolischen Tätigkeit war. Wahrscheinlich wurde der Körper nicht in der Erde beigesetzt, sondern in einem etwas erhöhten Marmorsarg, damit die immer zahlreicheren Verehrer das Grab sehen und berühren konnten.
Im Laufe der Jahrhunderte wurde das Grab dreimal aus verschiedenen Gründen geöffnet und die Reliquien an einen anderen Ort verlegt.
Die Rekognoszierung und die Überführung im Jahr 1263
Die wichtigste Rekognoszierung und Überführung war am 8. April 1263, als der Leichnam des hl. Antonius in die neue, zu seiner Ehre gebaute Kirche, die Basilika, übertragen wurde.
Bonaventura da Bagnoregio, damals Generalminister des Ordens, der später auch heilig gesprochen wurde, stand der Feier vor.
Bevor der Leichnam in einen neuen Holzsarg übertragen wurde, bemerkte Bonaventura da Bagnoregio bei der Untersuchung der sterblichen Überreste des hl. Antonius, dass die Zunge des Heiligen unverwest geblieben war.
Voller Bewunderung sprach der heilige Bonaventura aus: „Gesegnete Zunge, die du immerfort den Herrn gepriesen und viele Menschen angeleitet hast, ihn zu preisen. Jetzt erst wird offenbar, wie viel Gnade du gefunden hast bei Gott."
Die Überführung im Jahr 1310
Eine zweite Überführung fand am 14. Juni 1310 statt, als die Gebeine von Antonius feierlich in die neue, dem heiligen Antonius geweihte Kapelle übertragen wurden, die sich im linken Querschiff befindet.
Am 14. Februar 1350 kam Kardinal Guido de Boulogne nach Padua, um vor dem Heiligen ein Gelübde einzulösen (er war von der schwarzen Pest geheilt worden) und um ein wertvolles Reliquiar zu bringen, in dem der Kiefer des Heiligen einen ehrwürdigen Platz fand.
Die Rekognoszierung und die Ausstellung im Jahr 1981
Eine wichtige Untersuchung über die Überreste des heiligen Antonius begann am 6.1.1981, 750 Jahre nach seinem Tod. Ein religiöser und ein wissenschaftlich-technischer Ausschuss, die beide vom Heiligen Stuhl ernannt wurden, beaufsichtigten die Öffnung des Grabes und erforschten das Aufgefundene.
Unter einer grünen Marmorplatte fand man einen großen, von kostbaren zeitgenössischen Tüchern eingehüllten Sarg aus Tannenholz vor.
Er enthielt einen kleineren Holzsarg. Darin befand sich in kostbare Tücher gewickelt und auf drei Fächer aufgeteilt:
- Das Skelett des hl. Antonius, ohne das Kinn, den linken Unterarm und andere kleinere Teile, die seit Jahrhunderte in anderen Reliquiaren verwahrt werden.
- Das Ordenskleid aus bräunlicher Wolle.
- Die „massa corporis“, zum Großteil Staubpartikel. Hier wurden, zur Bestätigung des Wunders der Unversehrten Zunge, die empfindlichen Teile des Stimmapparats aufgefunden.
Die Überreste des hl. Antonius wurden in einem Kristallbehälter zusammengesetzt und vom 31. Januar 1981 abends bis 1. März 1981 (ganze 29 Tage) den Verehrern des Heiligen zugänglich aufgebahrt. Mehr als 650.000 Menschen machten von dieser Gelegenheit Gebrauch.
Nach der öffentlichen Aufbahrung wurde der Kristallsarg in einem Eichensarg verwahrt und am 1. März 1981 wieder an seinen alten Platz in der Antoniuskapelle zurückgebracht.
Andere Gegenstände wie das Ordenskleid und die Reliquien sind in der Schatzkapelle ausgestellt.