Saint Antoine fut enterré à Padoue, dans l’Eglise de saint Marie Mater Domini, refuge spirituel du Saint dans les périodes d’intense activité apostoliques, mardi le 17 juin 1231. Probablement le corps ne fut pas enterré, mais il resta un peu surélevé dans une urne de marbre, de façon à ce que les dévots, de plus en plus fréquents et nombreux, puissent en voir et en toucher l’arche-tombeau.
Pendant les siècles, pour de motivations différents, le tombeau a été ouvert et ses reliques ont été transférées en trois occasions :
Reconnaissance et transfert de 1263
La reconnaissance et le transfert les plus importants eurent lieu le 8 avril 1263, quand le corps fut transféré dans l’église, notamment dans la Basilique, qui a été bâti en son honneur. Bonaventure de Bagnoregio, qui était à l’époque le ministre général des frères franciscaines, qui a été lui même nommé saint, présida la cérémonie.
En examinant les dépouilles mortelles, qui furent ensuite déposé dans une nouvelle caisse en bois, il se rendit compte que la langue du Saint était demeurée intacte.
Suite à cette découverte, Bonaventure s’exclama: « Ô langue bénie, qui as toujours béni le Seigneur et l’as fait bénir par les autres, à présent se manifestent à tous les grands mérites que tu as acquis auprès de Dieu ».
Transfert de 1310
Un autre transfert eut lieu très certainement le 14 juin 1310 lorsque les dépouilles sacrées furent solennellement transportées dans la nouvelle chapelle dédiée au Saint, à l'extrême gauche du transept.
Le 14 février 1350, le cardinal Guy de Boulogne se rendit à Padoue pour accomplir un vœu envers le Saint (il fut guéri de la peste noire) et pour donner un précieux reliquaire dans lequel fut déposé le menton (ou plutôt la mâchoire) du Saint.
Reconnaissance et exposition de 1981
Une enquête importante sur les dépouilles mortelles du Saint commença le 6 janvier 1981, à l'occasion du 750ème anniversaire de la mort de saint Antoine. Une commission religieuse et une commission technico-scientifique, toutes deux nommées par le Saint Siège, s'occupèrent de l'ouverture de la tombe et examinèrent ce qu'ils y découvrirent. Après avoir retiré une plaque latérale en marbre vert, on y trouva une grande caisse en bois de sapin enveloppée dans des draps précieux.
Celle-ci contenait une autre caisse plus petite, également en bois de sapin, à l'intérieur de laquelle dans des enveloppes différentes, placés dans trois compartiments, enveloppés dans des draps précieux et avec des écritures indicatives se trouvaient:
- le squelette, à l'exception du menton, de l'avant-bras gauche et d'autres parties mineures (conservées depuis des siècles dans des reliquaires particuliers),
- la tunique,
- la "massa corporis", c'est-à-dire les cendres. Ici on a trouvé les fragiles parties de l’appareil vocal du Saint, qui confirment à nouveau le prodige de la langue intacte.
Les restes de saint Antoine furent ensuite recomposés et placés dans une urne de cristal et ensuite exposés, du 31 janvier le soir au dimanche 1er mars 1981 le soir (29 jours au total) à la vénération des dévots qui accoururent en foules impressionnantes : plus de 650 000 personnes. À la fin de l’ostension l’urne de cristal fut ensuite enfermée dans une caisse en rouvre puis disposée dans la tombe-autel séculière de la chapelle dédiée à saint Antoine.
Quelques pièces, en particulier la tunique et les reliques de l'appareil vocal de saint Antoine, sont encore exposées dans la Chapelle des Reliques ou du Trésor.
Exposition de 2010
Enfin en février 2010 pendant six jours les dévots ont pu vénérer les dépouilles mortelles de saint Antoine exposées dans la Chapelle des Reliques de la Basilique du Saint, avant de leur retour dans la Chapelle de l’Arche après avoir terminé la restauration commencée en 2008.
Résultat : Environ 200.000 pèlerins arrivés en Basilique et 150.000 prières déposées sur le Tombeau, en confirmant à nouveau l’amour des gens pour notre cher Saint.